No início de 1968, ao mesmo tempo em que se intensificava a reação da “linha dura” à Frente Ampla, começaram a surgir conflitos políticos na área estudantil, que era apoiada por setores da classe média e da Igreja. Em resposta à mobilização oposicionista, o ministro da Justiça Luís Antônio da Gama e Silva, após uma reunião com os três ministros militares, baixou no dia 5 de abril a Portaria nº. 177, proibindo as atividades da Frente Ampla sob a forma de manifestações, reuniões, comícios ou passeatas. Logo depois, o ministro do Trabalho Jarbas Passarinho declarou que a posse dos eleitos para a direção dos sindicatos estava condicionada à apresentação de um “atestado de ideologia”.
Enquanto o movimento estudantil era duramente reprimido, sofrendo ataques ostensivos de tropas de choque da Polícia Militar em conflitos de rua, em meados de julho ocorreu na cidade industrial de Osasco (SP) a primeira greve operária desde a ascensão dos militares.
No dia 2 de setembro, o deputado Márcio Moreira Alves, do MDB, pronunciou um veemente discurso na Câmara conclamando o povo a realizar um “boicote ao militarismo” e a não participar dos festejos comemorativos da Independência do Brasil no próximo 7 de setembro. O pronunciamento foi considerado pelos ministros militares ofensivo “aos brios e a dignidade das forças armadas”.
No dia 12 de dezembro, a Câmara recusou, por uma diferença de 75 votos e contando com o concurso da própria Arena, o pedido de licença encaminhado pelo governo para processar Márcio Moreira Alves. Preferindo enfrentar a crise com uma alternativa autoritária, o governo editou, no dia 13 de dezembro, o AI-5, o mais drástico de todos os atos institucionais até então editados.
Relacionando diretamente sua edição com o incidente na Câmara – na verdade o discurso de Moreira Alves foi apenas um pretexto, já que as medidas relacionadas eram as mesmas defendidas pelos militares desde julho – o AI-5 autorizou o presidente da República, independente de qualquer apreciação judicial, a decretar o recesso do Congresso Nacional e de outros órgãos legislativos, a intervir nos estados e municípios sem as limitações previstas na Constituição, a cassar mandatos eletivos e a suspender por dez anos os direitos políticos de qualquer cidadão, a decretar o confisco de “bens de todos quantos tenham enriquecido ilicitamente” e a suspender a garantia de hábeas corpus. Ainda no dia 13 de dezembro, o AC-38 decretou o recesso do Congresso Nacional por tempo indeterminado.
Logo após a edição do AI-5, foram presos diversos jornalistas e políticos que haviam manifestado sua oposição ao governo dentro ou fora do Congresso. Entre eles incluíram-se o ex-presidente Juscelino Kubitschek, e ex-governador Carlos Lacerda e vários deputados federais e estaduais da Arena ou do MDB.
No dia 30 de dezembro, foi divulgada a primeira lista de cassações posterior ao AI-5. Onze deputados federais – encabeçados por Márcio Moreira Alves, seguido de Hermano Alves e Renato Archer – tiveram seus mandatos cassados, enquanto Carlos Lacerda teve seus direitos políticos suspensos.
No dia 31 de dezembro, o presidente Costa e Silva dirigiu-se à nação através de uma cadeia de rádio e televisão afirmando que o AI-5 não fora “a melhor das soluções, mas sim a única” para combater a “ansiada restauração da aliança entre a corrupção e a subversão”. Declarou ainda o presidente : “Salvamos o nosso programa de governo e salvamos a democracia, voltando às origens do poder revolucionário”.